La prima menzione che si ha del castello è nel 1070, in un'epoca  dove Peyrepertuse entra negli interessi dei conti catalani di Besalù. Passato successivamente nei domini del conte di Barcellona (1111), il castello diventa possedimento di Narbonne.

Nel corso della crociata contro i Catari, Guillaume di Peyrepertuse, non volendo sottomettersi ai capricci papali, viene scomunicato nel 1224. Dopo la sconfitta di Carcassonne però Guillaume è costretto ad arrendersi ed il castello diventa possedimento francese nel novembre del 1240.

Molto vasto, la struttura si erige su di una cresta calcarea a circa 800 metri di altitudine. Dall'antica cappella di Saint Georges si scorge in lontananza Quéribus.

Viene abbandonato nel corso dei primi anni della Rivoluzione e venduto come Bene Nazionale nel 1820.

Nel 1950 iniziano le prime campagne di consolidamento del monumento.